Een waterbodemonderzoek is te vergelijken met een oriënterend en beschrijvend bodemonderzoek van een waterloop of wateroppervlakte. Een waterbodemonderzoek gaat na of er een ernstige bodemverontreiniging bestaat ten gevolge van de waterbodem. 

• Het beoogt een beschrijving te geven van de aard, hoeveelheid, concentratie, oorsprong en omvang van de verontreinigende stoffen of organismen en de potentiële verspreiding.
• Daarnaast evalueert een waterbodemonderzoek de risico's die de waterbodemverontreiniging kan stellen voor zowel mens, als plant en dier en het grond- en oppervlaktewater.

• waterbodem - sediment
• waterbodem - vaste deel van de waterbodem

In 2017 is de OVAM gestart met het in kaart brengen van hotspots voor waterbodemverontreiniging in de vijf
Vlaamse provincies. Doelstelling is om dat te finaliseren tegen 2022.

Samen met een voorstel-lijst van risico-inrichtingen met hoge kans op waterbodemverontreiniging werd ook een prioriteringsmethodiek opgesteld. Het is de bedoeling om na te gaan:

• of deze lijst en de prioritering volgens categorie voldoende gefundeerd zijn;
• hoeveel stalen minimaal nodig zijn om een representatief beeld te krijgen van de verontreinigde waterbodem.

​​​​Per provincie worden een aantal potentiële hotspots geselecteerd. Voor elke hotspot wordt een voorstudie uitgevoerd met:

• Een historisch onderzoek.
• Een evaluatie van de eerder uitgevoerde bodemonderzoeken en –saneringen.
• Een inventarisatie van de vroegere en huidige lozingspunten en een gesprek met de waterloopbeheerder om een duidelijk beeld te krijgen van de historiek van de hotspot.

Op basis van deze informatie wordt, indien aangewezen, een plan van aanpak opgemaakt en waar mogelijk wordt uiteindelijk een gerichte staalname van de water- en oeverbodem ter hoogte van deze potentiële hotspot uitgevoerd. Doelstelling daarvan is de kwaliteit ervan in kaart te brengen.

Op basis van deze uitgebreide steekproef kan de lijst met risico-activiteiten voor waterbodem gevalideerd worden en de staalnamemethodiek geëvalueerd en bijgestuurd.

In een risicobeoordeling voor een waterbodemverontreiniging wordt geëvalueerd of die verontreiniging een humaan, ecotoxicologisch of verspreidingsrisico vormt.
Wanneer de waterbodemverontreiniging aanleiding geeft tot onaanvaardbare risico's voor mens, milieu of natuur, wordt een sanering uitgevoerd.

Een duidelijk kader voor de beoordeling van deze risico's en wanneer een sanering nodig is, wordt nog uitgewerkt. Onderstaand schema stelt het conceptueel model voor een waterloop voor.

Samen met bodemsaneringsdeskundigen, onderzoeksinstellingen en andere experten uit binnen- en buitenland ontwerpt de OVAM een risicosystematiek voor de beoordeling van de risico's bij waterbodemverontreiniging. In afwachting van de volledige risicosystematiek, kunt u zich al baseren op deze documenten:

• Risicomodel waterbodem - Literatuurstudie BN170802
• ​​​​​​​Onderzoek relatie waterbodem - oppervlaktewater - Literatuurstudie
• ​​​​​​​Risicobeoordeling van verontreinigde waterbodems: naar een Vlaams beoordelingskader - Afgewerkte studies en lopende initiatieven.​​

Het Bodemdecreet bevat een specifieke regeling voor het onderzoek en de sanering van waterbodems (art. 124-135 Bodemdecreet). Het Bodemdecreet omschrijft het begrip 'waterbodem' door verwijzing naar het Decreet betreffende het Integraal Waterbeleid dat het begrip 'waterbodem' definieert als: ‘de bodem van een oppervlaktewaterlichaam die altijd of een groot gedeelte van het jaar onder water staat’.

Een ‘oppervlaktewaterlichaam’ wordt verder gedefinieerd als ‘een onderscheiden oppervlaktewater, zoals een meer, een wachtbekken, een spaarbekken, een stroom, een rivier, een kanaal, een overgangswater, of een deel van een stroom, rivier, kanaal of overgangswater’.

De Europese Kaderrichtlijn Water stelt dat een goede toestand van oppervlaktewater en grondwater moet worden bereikt. De sanering van de waterbodem vormt daarin een onmisbare schakel. De verontreinigde waterbodem belet immers het verbeteren van de waterkwaliteit en het ecologisch herstel van de waterloop.

De sanering van verontreinigde waterbodems valt binnen het toepassingsgebied van de bodemsaneringsregeling, maar gelet op de specifieke milieukenmerken van waterbodems is het toepassen van de bestaande decretale procedures niet evident. De sanering van waterbodems vereist een eigen aanpak.

Het Bodemdecreet bevat bepalingen over:

• het onderzoek van waterbodems (waterbodemonderzoek);
• de beoordeling van de saneringsnoodzaak;
• de sanering van verontreiniging ter hoogte van waterbodem;
• de aanduiding van de saneringsplichtige persoon;
• de noodzaak om de sanering van een waterbodem integraal (op niveau van bekkens en deelbekkens) aan te pakken.

Dat alles gebeurt in afstemming met het Decreet Integraal Waterbeleid. Niet alleen de verontreiniging van de bodem van waterlopen, maar ook die van vijvers, kan worden geregeld via de bepalingen uit het Bodemdecreet.

In de regeling over waterbodems wordt geen onderscheid gemaakt tussen nieuwe en historische bodemverontreiniging. Bij waterbodems moet worden gesaneerd als er sprake is van een ernstige bodemverontreiniging. Het saneringsdoel is risicogebaseerde sanering.

Vermits het niet mogelijk is alle waterlopen direct te saneren, worden prioriteiten bepaald en de meest urgente waterbodems eerst aangepakt.

In de loop van 2008 werd er binnen een subwerkgroep van de werkgroep Bagger-en Ruimingsspecie van de Coördinatiecommisie Integraal Waterbeleid (CIW) een methodiek voor de opmaak van de lijst van de prioritair te onderzoeken waterbodems uitgewerkt. Deze subwerkgroep bestaat uit verschillende actoren betrokken in de waterbodemproblematiek en werd getrokken door de OVAM. De voorgestelde methodiek werd op 19 maart 2009 goedgekeurd door de Coördinatiecommisie Integraal Waterbeleid. De methodiek geldt als een leidraad voor het vastleggen van een eerste lijst van prioritair te onderzoeken waterbodems met de bedoeling deze voor te leggen aan de Vlaamse Regering eind 2009.

De bodemsanering ter hoogte van de waterbodem heeft niet alleen betrekking op de waterbodem zelf maar ook op alle gronden die verontreinigd zijn door de verspreiding van de verontreiniging vanuit waterbodem of oppervlaktewater.

Er zijn verschillende wijzen waarop waterbodemverontreiniging aan het licht kan komen.

Wanneer de waterbodem is onderzocht is in een waterbodemonderzoek volgens hoofdstuk 12 van het Bodemdecreet, dan ontstaat de saneringsplicht pas nadat de Vlaamse Regering de waterloop heeft aangewezen als prioritair te saneren. De bepalingen in verband met de vrijstelling van saneringsplicht bij historische bodemverontreiniging zijn hier eveneens van toepassing. De saneringsplichtige kan de kosten verhalen op de aansprakelijke voor de bodemverontreiniging overeenkomstig de klassieke aansprakelijkheidsregels.

Wanneer waterbodemverontreiniging in kaart wordt gebracht naar aanleiding van een verontreiniging die vanuit een ‘landbodem’ is ontstaan, dan wordt de saneringsplicht vastgelegd volgens hoofdstuk 3 van het Bodemdecreet. Dit gebeurt wanneer in het kader van bodemonderzoeken ook waterbodemverontreiniging wordt vastgesteld bijvoorbeeld ten gevolge van lozingen. Deze verontreinigingen worden onderzocht in bodemonderzoeken gerelateerd aan de exploitatie die de waterbodemverontreiniging heeft veroorzaakt of naar aanleiding van andere vaststellingen.

Zo kan bijvoorbeeld in kader van een periodiek oriënterend bodemonderzoek door een exploitant op een grond met een onderzoeksplichtige risico-inrichting gelegen langs een waterloop tot uiting komen dat de waterbodem verontreinigd is ingevolge de activiteiten van het bedrijf. De grond waar de emissie is gebeurd die aanleiding heeft gegeven tot verontreiniging van de waterbodem, is de grond waar de bodemverontreiniging tot stand gekomen is in de zin van artikel 2, 11° van het Bodemdecreet. De verontreinigde waterbodem is in dat geval de grond waar de verontreinigende stoffen zich hebben verspreid. Overeenkomstig de algemene onderzoeks- en plichtregeling van het Bodemdecreet is de exploitant van de grond waar de bodemverontreiniging tot stand gekomen is de saneringsplichtige persoon en kan hij in het kader van het beschrijvend bodemonderzoek voor de afperking van de verontreiniging verplicht worden ook de verontreiniging van de waterbodem ingevolge de emissie vanuit zijn bronperceel in kaart te brengen. Als uit het beschrijvend bodemonderzoek blijkt dat het saneringscriterium overschreden is, zal in het kader van de bodemsanering van de verontreinigde gronden op grond van de algemene saneringsplichtregeling (artikel 9-11 of artikel 19-22 Bodemdecreet) ook de aan het bronperceel toe te schrijven verontreiniging van de waterbodem aangepakt moeten worden door de saneringsplichtige exploitant. Het feit dat in het Bodemdecreet een specifieke regeling is opgenomen over waterbodem doet hier geen afbreuk aan.

In samenwerking met de VMM en alle waterloopbeheerders binnen de coördinatiecommissie Integraal Waterbeleid (CIW) heeft de OVAM in 2009 een lijst van vijftien prioritair te onderzoeken waterlopen (bronbeken) opgesteld.

Uit deze lijst en andere verontreinigde waterlopen werden een aantal pilootprojecten geselecteerd voor waterbodemonderzoek. De pilootwaterbodemonderzoeken hebben als doel om praktijkervaring op te doen die kan worden samengebracht in een standaardprocedure voor waterbodemonderzoek.

Uiteraard wordt tegelijkertijd de verontreinigingssituatie (deels) in kaart gebracht en wordt de ernst van de verontreiniging beoordeeld.
 
Voorbeelden van deze pilootprojecten:

• Molse Nete
• Oude Dokken - Gent

• Grote Calie
• Winterbeek 
• Grote Nete
• Grote Laak